"Flashback" - 1998, un bambino di nome Shin Kudo vede cadere qualcosa
nell'Oceano. L'esplosione è mostruosa e tutti temono il peggio.
Nel 1999 viene ufficializzata la caduta di un meteorite. In realtà si
trattò di una nave spaziale aliena che si schiantò sull'isola di
Sud-Atalia, distruggendola quasi completamente.
Nel 2008 Shin Kudo, top gun, si prepara al decollo col suo F-14 della UN Spacy, Con il suo co-pilota Edgar LaSalle. Devono controllare lo spazio aereo sopra l'isola di Sud-Atalia. In aria incontrano una formazione di aerei MIG-29 delle forze Anti-United Nations. Inizia la battaglia. Shin da prova di grandi abilità, distruggendo i nemici.
All'improvviso i suoi compagni di squadriglia esplodono per mano di un
SV-51Caccia Trasformabile. La differenza tecnica è abissale e finisce anche lui per essere abbattuto.
I sedili eiettabili li catapultano nell'oceano ma solo Shin riesce a raggiungere in qualche modo la riva, di Edgard si perdono le tracce.
Su un isola sotto la battaglia aerea, dei nativi del luogo si raccontano
dell'antica civiltà che arrivò sulla terra quando tutto era ancora ai
primordi.
Sulla Portaerei Asuka II, la scienziata Aries Turner, sta illustrando gli ultimi ritrovato della tecnologia trovata sulla ASS-1. Un radar ha individuato un artefatto antico di 10.000 anni che è sicuramente collegato alla ASS-1, si tratta di un alieno.
Aries dopo la conferenza incontra Roy Focker. Il pilota sa che c'è un
progetto legato alla teoria sulla "protocultura". Sulla Asuka II, Roy parla ai suoi uomini, spiegando che il nemico ha deciso di attaccare segretamente un obiettivo con i nuovi aerei. Loro useranno i nuovi VF-0, caccia di ultima generazione, capaci di trasformarsi in battaglia. Tutti sono coscienti del fatto i piloti sono troppo giovani per scendere in battaglia. Molti della generazione precedente, sono morti.
Una ragazza dell'isola di indigeni, rivela capacità particolari che
sembrano legate ai misteri degli alieni caduti sulla Terra.
Due nemici su tutti rendono la loro vita difficile, Iwanolf e Nora. Roy scopre che Iwanolf è il suo vecchio istruttore, di cui aveva perso ogni traccia.
Shin salva la sorella della misteriosa ragazza indigena da un VF-0, che
precipita nelle vicinanze. Poi in preda all'ira, monta sull'aereo e
comincia a sparare in ogni direzione, colpendo anche l'aereo di Nora. Roy
nota del potenziale nel ragazzo e decide di dargli una possibilità, insieme al ritrovato Edgard, nel suo gruppo dei Teschi.
Dopo giorni di durissimo addestramento, Shin viene mandato di nuovo sull'isola di Mao e Sara, scortando un equipe di scienziati. C'è un segreto che correla l'antico manufatto alieno con i nativi dell'isola e solo un esame del DNA potrà svelare tale mistero. Shin, vagando nella foresta limitrofa, trova Sara che sta danzando nel lago sotto la montagna sacra, mentre sta eseguendo uno strano rituale. Ancora più strano è l'effetto ottenuto. Le pietre si alzano, le piante ringiovaniscono e tutto riprende vita.
Altrove, nell'AIPHOS, il relitto alieno ripescato in mare, del sangue comincia a sgorgare da una crepa dell'armatura. La scienziata si reca sul
posto del rituale per rintracciare la fonte di tale energia, ma Shin
riesce a depistarla per salvare Sarah.
"Flashback" in cui si vede lo scienziato ideatore della teoria della
Protocultura. L'uomo preleva del sangue alla piccola Sarah che ne rimane
traumatizzata. Aries sa che l'uomo aveva capito cosa nascondeva quella
strana isola, dove le pietre portano simboli criptici e la montagna
centrale ha un aspetto sinistro. I piloti della Anti United Nations, si
preparano per un attacco diretto alle navi nell'oceano, per rubare il
relitto alieno recuperato. Contemporaneamente Shin visita uno strano posto, in fondo al mare, insieme a Mao. In quel punto, Shin, riesce a vedere un relitto del tutto simile all'AIPHOS. Un occhio si apre e li vede,
scatenando il panico nei due.
In superficie Edgard va a recuperare Shin con il VF-0, a causa
dell'attacco imminente. In mare aperto la battaglia imperversa. Scendono
in campo tutti i mezzi disponibili nelle United Force. Roy utilizza il suo
VF-0 con una corazza armatissima. Il relitto rimane nelle mani della UN
Force, a caro prezzo.
Nora raggiunge Shin e ingaggia un duello aereo. Il ragazzo recupera
un'oggetto in fondo al mare, e Mao subisce uno shock che la fa regredire,
mentalmente, a bambina. Shin, una volta a terra, raggiunge Sarah ma viene intercettato da Nora.
. Se usano gli effetti speciali simili a quelli usati per transformer penso che il risultato sarà eccellente anche perché la storia di per se è già ben fatta.